Súčasný futbalový klub nadväzuje na súkromnú futbalovú školu JUPIE, ktorá vznikla v roku 1993. Jej fúziou s FK Podlavice o štyri roky neskôr vznikol FK JUPIE Podlavice-Banská Bystrica, neskôr sa k spolupráci pridal ďalší banskobystrický klub ŠK Badín. Od júna minulého roku nesie klub oficiálne meno svojho najslávnejšieho odchovanca, hráča SSC Napoli a kapitána slovenskej reprezentácie Mareka Hamšíka.
V súčasnosti má klub 10 mládežníckych mužstiev od kategórie U8 až po U19. Okrem toho sa v JUPII do tajov futbalu zaúčajú najmenší v troch predprípravkách. JUPIE za klub, z ktorého vyšiel pokladajú okrem Hamšíka aj Jakub Sylvestr, momentálne hráč 1. FC Nürnberg a Andrej Rendla, ktorý pôsobí v holandskom Twente Enschede.
JUPIE U12 hráva rovnako ako FKM Karlova Ves a AS Trenčín najvyššiu súťaž mladších žiakov - Dôvera 1. ligu. V skupine Stred je po jesennej časti na 4. mieste s navlas rovnakou bilanciou, akú majú aj naši chlapci - 8 výhier a 5 prehier.
