Klub je spätý s menom podnikateľa Viliama Ondrejku, ktorý ho založil v roku 1995 ako vôbec prvý súkromný futbalový klub v nitrianskom okrese. Od roku 2008 hrá FC ViOn najvyššiu slovenskú súťaž medzi mužmi a postupne sa mu podarilo vytvoriť kompletnú pyramídu detských a mládežníckych tímov vo všetkých vekových kategóriách.
Svoje domáce zápasy hrá klub na útulnom štvortisícovom štadióne na Továrenskej ulici, ktorý postavil sám majiteľ klubu. Štadión je častým a obľúbeným dejiskom medzištátnych zápasov Slovenska najmä v mládežníckych kategóriách, naposledy tu o postup na finálovy turnaj bojovala proti Taliansku slovenská "dvadsaťjednotka".
Kategória U12 pôsobí v II. lige mladších žiakov Západ, kde sa pohybuje v tabuľke po jesennej časti medzi najlepšími mužstvami.
